En 1814 arribó a Salta para ser el primer gobernador electo de la provincia. Allí, los ejércitos revolucionarios habían intentado vencer a los realistas dirigiéndose al Alto Perú (actual Bolivia) para llegar a Lima, uno de los centros del imperio español. Estos intentos habían fracasado.
Fue entonces cuando San Martín pensó otra alternativa, que era atacar a los realistas en Chile para después avanzar hasta Perú. El plan de San Martín tuvo éxito, pero esto no hubiese sido posible sin la llamada “Guerra Gaucha” liderada por Güemes, que funcionó como un bloqueo para que los realistas no ingresen a Salta y Jujuy y que tuvieran que replegarse en el Alto Perú.
La “Guerra gaucha” fue la guerra de guerrillas llevada adelante por los gauchos pobladores de los sectores populares llamados “los infernales de Güemes”. Estos enfrentamientos eran durante todo el día en forma de tiroteos cortos seguidos de retiradas.
En junio de 1821 una partida realista logró ocupar Salta. Cuando Güemes salió a combatirla, fue herido de un balazo. Siguió batallando a pesar de su estado de salud. Murió el 17 de junio de 1821 en la Cañada de la Horqueta. Pocos días después, el 22 de julio, los gauchos de Güemes derrotaron a los invasores y expulsaron para siempre a los realistas de Salta.
